GDIS (Graphical Display Interface for Structures)
GDIS (Graphical Display Interface for Structures)
adalah program visualisasi ilmiah untuk manipulasi, display, dan
analisis molekul terisolasi dan struktur periodik. Hal ini dalam
pengembangan, tapi tetap cukup fungsional. Ini memiliki fitur berikut:
- Dukungan untuk banyak format file umum (CIF, PDB, XTL, XYZ, dan banyak lagi).
- Job pengajuan alat untuk paket kimia komputasi: GAMESS, Gulp, ReaxMD, dan SIESTA.
- Job analisis dan alat grafik untuk simulasi dinamika.
- Berguna manipulasi alat, termasuk matriks transformasi dan konstruksi supercell.
- Permukaan yang kuat dan alat generasi kristal morfologi.
- Pola difraksi generasi dan merencanakan.
- Animasi multi-frame file.
- Aneka alat untuk visualisasi (pengukuran, pita, layar polyhedral).
Berikut akan saya jelaskan beberapa
langkah penggunaan aplikasi GDIS ini. disini saya akan menggunakan
contoh sederhana yakni dengan membuat molekul air (H2O) dengan aplikasi
ini. langkah-langkahnya adalah sebagai berikut.
Seperti biasa buka aplikasi GDIS, dimana tampilan awalnya akan seperti berikut :
Klik pada ikon new model untuk membuat model baru,
Pada kolom model pilih model : editing,
Pada bagian label ketik nama atom yang akan digunakan, kemudian klik pada bagian Add atoms
dan klik pada jendela gambar, maka atom akan muncul. Pada penjelasan
kali ini saya akan membuat molekul air sehingga saya akan membuat dua
atom H dan sebuah atom O.
Berikutnya untuk membuat ikatan antar atom diatas, klik Add bonds dan klik salah satu atom dan tarik ke atom lainnya dan molekul air pun selesai kita buat…
Pada aplikasi ini disediakan beberapa
jenis tampilan molekul, seperti pada aplikasi kimia lainnya dan untuk
memilih tampilan yang diinginkan dapat kita lihat dengan memilih Display pada bagian model seperti pada gambar berikut ini.
Klik sesuai dengan keinginan mka secara otomatis bentuk molekul akan berubah-ubah sesuai pilihan anda. :)
Menggunakan Tool Measurements
Dengan aplikasi GDIS kita dapat melakukan
berbagai pengukuran seperti ikatan, jarak antar atom, serta sudut
ikatan dari molekul yang kita buat. Caranya adalah klik ikon measurements. Maka akan muncul tampilan seperti berikut :
Klik pada tab search kemudian pilih parameter apa yang hendak kita ukur (Bonds, Distances, Intermolecular, Bond Angles, atau Angles) kemudian klik search. Maka pada label list akan muncul nilai nilai dari pengukuran.
Tool Animation
Dengan tool animation ini kita dapat
merekam aktifitas kita dalam melakukan pengamatan ataupun membuat suatu
molekul bahkan kita juga bisa menyimpannya dalam bentuk gambar dengan
format .gif ataupun video. Untuk menggunakannya klik ikon Animation maka
akan muncul tampilan berikut :
Klik pada tab rendering, beri centang pada bagian make movie, pilih jenis file keluaran dan isikan nama filenya kemudian close, maka kegiatan anda pada jendela gambar akan terekam.
Selanjutnya untuk memutar kembali hasil kegiatan anda, klik kembali ikon Animation lalu pada bagian bawah klik play dan kegiatan anda kan diputar.. :)
Sekian penjelasan saya mengenai aplikasi GDIS ini, semoga bermanfaat :)
0 komentar:
Posting Komentar