Tutorial Aplikasi Py mol

Tutorial Software Py MOL

PyMOL adalah open-source, user-disponsori, sistem visualisasi molekul yang dibuat oleh Warren Lyford DeLano dan dikomersialkan awalnya oleh DeLano Ilmiah LLC, yang merupakan perusahaan perangkat lunak pribadi yang didedikasikan untuk menciptakan alat yang berguna yang menjadi universal diakses oleh masyarakat ilmiah dan pendidikan. Saat ini dikomersialkan oleh Schrodinger, Inc. PyMOL dapat menghasilkan gambar 3D berkualitas tinggi kecil molekul dan biologi  makromolekul, seperti  .protein. Menurut penulis asli, hampir seperempat dari semua gambar yang diterbitkan dari struktur protein 3D dalam literatur ilmiah dibuat menggunakan PyMOL.

PyMOL adalah salah satu dari beberapa  Open Source alat visualisasi yang tersedia untuk digunakan dalam  biologi Struktural . The Py bagian dari  Perangkat nama mengacu pada fakta bahwa itu meluas, dan extensible dengan bahasa pemprograman Python.

 

Studi mengenai kompleksitas struktur makromolekul tidak terlepas dari peran program pemodelan dan visualisasi. Proses visualisasi merupakan salah satu cara untuk memahami lebih mendalam tentang dunia biologi molekular. Saat ini telah banyak perangkat lunak yang dikembangkan untuk keperluan visualisasi struktur ataupun untuk menganalisis hasil simulasi MD mulai dari program yang berbayar sampai program yang bersifat open source atau gratis. Program visualisasi yang saat ini banyak digunakan diantaranya PyMOL (DeLano WL 2002), VMD (Virtual Molecular Dynamics), Rasmol, Jmol, OpenMol, dan Deepviewer.

Kebutuhan program visualisasi bagi studi biologi molekular ataupun MD dapat dilihat dari berbagai aspek. Perangkat lunak visualisasi dibutuhkan untuk beberapa hal diantarnya untuk memvisual

 

 

 PyMOL sebagai program visualisasi grafis molekuler dapat digunakan untuk beberapa hal antara lain untuk membaca basis data protein PDB (Protein Data Bank), menampilkan struktur 3D makromolekul dengan berbagai representasi bentuk (Gambar 1), visualisasi hasil kristalografi, menseleksi dan mengedit bagian tertentu pada molekul, menampilkan proses trajektori hasil simulasi MD, membuat file animasi, dan analisis molekular lainnya seperti visualisasi warna b-factor, pensejajaran makromolekul, menghitung jumlah ikatan hidrogen, menampilkan sekuens protein dan kalkulasi struktur sekunder (DeLano WL 2002).