Qutemol
Qutemol merupakan salahsatu aplikasi
kimia yang cukup menarik untuk dipelajari di linux. Aplikasi ini
merupakan aplikasi gratis dan open source yang yang cukup menarik dan interaktif dalam menampilkan sistem visualisasi molekular.
Aplikasi ini menawarkan berbagai efek
visual yang inovatif sesuai dengan keinginan serta pilihan dimana teknik
visualisasi ini ditujukan untuk meningkatkan kejelasan serta pemahaman
pada pengamatan struktur molekul secara luas sehingga kita akan lebih
mudah dalam memahami visual molekul yang akan diamati dalam bentuk 3D
dengan bantuan aplikasi ini.
1. Dalam melakukan pengamatan visual pada
aplikasi ini terlebih dulu kita harus mencari file .pdb dan .vdb dari
molekul yang akan kita amati. Hal ini dikarena aplikasi qutemol hanya
dapat bekerja dengan dua jenis ekstensi file ini (.pdb dan .vdb).
sementara langkah-langkah pengguanaan aplikasi ini adalah sebagai
berikut :1. Buka aplikasi Qutemol. Pada tampilan awal, aplikasi ini akan
memberikan tampilan seperti pada gambar berikut:
2.
Klik ikon browse seperti pada gambar dibawah ini untuk memasukkan file
dengan format .pdb yang merupakan file molekul yang akan diamati.
3. Pilih file yang akan diamati lalu klik OK. Sebagai contoh pada pembahasan kali ini saya akan mengguna kan file H2O.pdb
4. Untuk melakukan pengamatan, bentuk molekul dapat dipilih dan disesuaikan dengan keinginan untuk memperoleh visual yang benar-benar jelas untuk diamati yakni dengan memilih beberapa opsi pada menu bagian kanan dari jendela aplikasi qutemol.
5. Pada tab preset kita dapat mengatur
bentuk molekul yang kita amati sesuai dengan keinginan untuk memperoleh
visual yang benar-benar jelas untuk diamati. caranya adalah dengan
memilik (klik) menu-menu yang ada pada tab preset, maka bentuk molekul
akan berubah-ubah sesuai dengan pilihan. Berikut adalah beberapa
contohnya yakni pada pilihan ‘Molecule of the Month‘, ‘Direct Light Only’, dan ‘Simulated S.E.M. 1′ .
6. Selanjutnya pada tab Geometry kita
akan menemukan beberapa menu untuk merubah tampilan molekul dengan
pilihan ‘Space Fill’,’Licorice’, dan ‘Balls’n’Sticks’.
7. Pada tab customize kita dapat
menyesuaikan bentuk molekiul yang akan diamati dengan lebih spesifik
dimana pada tab ini kita dapat mengatur warna molekul, background,
saturasi, kecerahan, ketajaman dan pilihan lainnya.
8.
Selanjutnya, selain berfungsi sebagai aplikasi visualisasi, aplikasi
ini juga dapat untuk mencapture gambar molekul yang diamati, yakni
dengan cara klik ikon capture sepererti pada gambar dibawah ini.
9. Pilih lokasi penyimpanan lalu tunggu dan molekul yang kita amati akan tersimpan dalam bentuk file gambar .png
0 komentar:
Posting Komentar